ФІФА — асоціація, яка була заснована згідно з законами Швейцарії. Її штаб знаходиться в Цюріху. Головним керівним органом ФІФА є Конгрес ФІФА — збори представників від кожної з національних федерацій, які входять до складу ФІФА. Конгрес збирається на звичайні сесії один раз щороку й на позачергові сесії, які проводяться один раз на рік з 1998 і дотепер, а також коли виникає потреба. Лише Конгрес може здійснити зміни в статуті ФІФА. Конгрес обирає президента ФІФА, її генерального секретаря й інших членів Виконавчого Комітету ФІФА. Президент і генеральний секретар — головні посадовці ФІФА. Вони відповідають за її щоденну адміністрацію, що провадиться Генеральним Секретаріатом, штат якого налічує 207 членів.

Виконавчий Комітет ФІФА під головуванням президента є головним організаційним органом для прийняття рішень на час засідання Конгресу. Міжнародна організаційна структура ФІФА також включає декілька інших органів, якими керують Виконавчий комітет чи створені Конгресом постійні комісії. Серед них — Фінансовий Комітет, Дисциплінарний Комітет, Суддівський Комітет тощо.

Крім її міжнародних установ (президентство, Виконавчий Комітет, Конгрес тощо) ФІФА створила конфедерації, які наглядають за футболом на різних континентах і в регіонах світу. Членами ФІФА є національні федерації, а не континентальні Конфедерації. Континентальні Конфедерації передбачені в статуті ФІФА. Національні федерації повинні бути членами і ФІФА, й конфедерації, до якої їхня країна належить географічно, для того щоб їхні команди могли кваліфікуватися до змагань ФІФА (з деякими невеликими географічними винятками, показаними нижче):

AFC — Азіатська Футбольна Конфедерація в Азії та Австралії

CAF — Африканська Футбольна Конфедерація в Африці

CONCACAF — Конфедерація футбольних асоціацій Північної, Центральної Америки і Карибського регіону в Північній і Центральній Америці

CONMEBOL — Південноамериканська Футбольна Конфедерація в Південній Америці

OFC — Конфедерація Футболу Океанії в Океанії

UEFA — Союз Європейських Футбольних Асоціацій в Європі.

Карта світу зі зазначеною приналежністю країн до конфедерацій

Країни, територією яких проходить традиційна межа між Європою й Азією, взагалі мали право вибору конфедерації. В результаті багато трансконтинентальних країн, у тому числі Росія, Туреччина, Вірменія та Азербайджан, захотіли стати членами UEFA, незважаючи на те, що більша частина їхніх територій знаходиться в Азії. Ізраїль, хоча й повністю знаходиться в Азії, приєднався до UEFA 1994 року, після десятиліть ізоляції багатьма з його близькосхідних сусідів. Казахстан перейшов із AFC до UEFA 2002 року.Австралія була останньою країною, яка перейшла з OFC до AFC у січні 2006 року.

Гаяна і Суринам завжди були членами CONCACAF незважаючи на те, що вони є південноамериканськими країнами.

Жодній команді з OFC не дають автоматичної кваліфікації на Чемпіонат Світу. В нещодавніх кваліфікаційних циклах Чемпіонату Світу, переможець їх секції повинен був грати матчі плей-оф проти команди CONMEBOL — перешкода, яку Австралія традиційно не могла подолати. Можливо іронічно, що Австралія успішно пройшла кваліфікацію наЧемпіонат світу з футболу 2006 року, обігравши в такому плей-оф у серії після матчевих пенальті збірну Уругваю, тільки декілька місяців після того, як їй було надане право перейти в AFC. Починаючи з 2010 кваліфікаційного турніру переможець кваліфікації OFC отримає місце в фінальній групі кваліфікації AFC.

Загалом ФІФА визнає 207 національних федерацій і пов'язані з ними чоловічі національні команди, так само як і 129 жіночих національних команд; дивіться список національних футбольних команд і відповідні їм коди країн. Цікаво знати, що ФІФА має більше країн-членів, а ніж Організація Об'єднаних Націй. Рейтинг збірних ФІФАоновлюється щомісячно і визначає місце кожної збірної, в залежності від їх виступів у міжнародних змаганнях усіх рівнів і товариських матчів. Також існує рейтинг жіночих збірних ФІФА, який оновлюється щоквартально.