Компания была основана известным автомобильным конструктором и инженером Петером Заубером. В 1980-е Sauber стал официальным представителем концерна Mercedes в гонках спорт-прототипов. используя заводской двигатель V8. На автомобиле «Заубер-Мерседес» в 1989 году Йохан Масс, Мануэль Рейтер и Стенли Дикенс выиграли знаменитую гонку «24 часа Ле-Мана». Также, в 1989 и 1990 с Жаном-Луи Шлессером команда выиграла всемирный чемпионат спорт-прототипов. Однако в 1993 году этот чемпионат прекратил свое существование.

1990-Е

В 1993, после закрытия чемпионата спорт-прототипов, Петер Заубер создал свою команду в чемпионате Формула-1. Заубер продолжил сотрудничество с концерном «Мерседес», получая от него двигатели. Скорость болидов была достаточно высокой, но команда страдала от низкой надёжности. Более чем в половине гонок Юркиярви Лехто и Карл Ведлингер сошли с дистанции. Однако в тех случаях, когда болиды гонщиков «Заубер» доходили до финиша, они почти всегда финишировали в очковой зоне, в итоге принеся своей команде седьмое место в чемпионате-1993.

Несмотря на успешный дебют Хайнца-Харальда Френтцена и статус официального представителя «Мерседес», 1994 год стал неудачным для конюшни Петера Заубера. Ведлингер получил тяжёлую травму на Гран-при Монако 1994 года и выбыл из строя до конца сезона. Руководитель команды снял с гонки и своего второго пилота до выяснения обстоятельств. Мерседес, разочарованный результатами «Заубера», отказал им в поддержке и заключил соглашение с «МакЛарен».

Новым титульным спонсором швейцарской конюшни стала компания Red Bull. Следующие два года команда провела, используя двигатели «Форд», менее мощные и надёжные, чем их предшественники. Однако это не помешало Френтцену принести своей команде бронзу на Гран-при Италии 1995 года. На следующий год его успех повторил Джонни Херберт, поднявшийся на подиум в Монако. Команда из года в год стабильно занимала седьмое место в кубке конструкторов.

С 1997 года «Заубер» заключил выгодное соглашение с командой «Феррари» о поставках двигателей. «Зубры» отныне получали прошлогоднюю модификацию двигателей «Скудерии», каждый год новую. Кроме того, спонсором Sauber стал малазийский нефтяной концерн «Petronas», «одолживший» свое имя клиентским двигателям в рекламных целях. Полное название команды теперь стало Red Bull Sauber Petronas. Жан Алези подтвердил скорость нового болида, придя третьим на дождевом Гран-при Бельгии 1998 года, но на следующий год прогресс оказался недостаточным, и «Заубер» был отброшен на восьмое место.

2000-Е

Несмотря на давление спонсоров, Петер Заубер отказался брать в боевой состав 2001 года своего тест-пилота Энрике Бернольди, протеже концерна «Red Bull», предпочтя ему считавшегося тогда «тёмной лошадкой» Кими Райкконена. Бернольди и с ним титульный спонсор перешли в команду «Эрроуз».

Заубер не прогадал: обновление состава привело к резкому скачку результатов. Чемпион Формулы-3000 Ник Хайдфельд и дебютант Кими Райкконен подарили Петеру Зауберу лучший на тот момент сезон в истории его команды. Кими завоевал очко в дебютной гонке, а Ник смог подняться на подиум на Гран-при Бразилии 2001 года. По итогам года на счету «Заубера» было 21 очко и четвертое место в Кубке Конструкторов. Под впечатлением от этого сезона, Рон Деннис пригласил Райкконена вторым пилотом в «МакЛарен», на место уходящего из Формулы-1 чемпиона мира Мики Хаккинена.

На следующий год Хайдфельд и его новый партнер Фелипе Масса оказались менее результативны в условиях полного доминирования «Феррари» и уверенных вторых и третьих мест «Уильямса» и «МакЛарена», завоевав пятое место. Вдобавок, многообещающий дебютант Масса стал виновником крупной аварии в Монце и был дисквалифицирован. В следующем сезоне команда заменила его на ветерана Френтцена, отправив Массу своим партнерам из «Феррари» в качестве тест-пилота. Френтцен в своей предпоследней гонке привел Заубер вновь на подиум.

С 2004 года, по договорённости с Феррари, Масса вновь вернулся за руль швейцарских болидов. В «Феррари» рассматривали молодого бразильца как своего потенциального будущего пилота и хотели дать ему набраться гоночного опыта. Выступления Массы за «Заубер» были средней результативности. Уже почти по традиции Петер Заубер привлекал в свою команду опытных ветеранов: в 2004 году — Джанкарло Физикеллу, а в 2005 — Жака Вильнёва. Однако ни Масса, ни опытные пилоты, ни переход на резину «Мишлен», ни новая аэродинамическая труба в Хинвилле за два года не помогли «Зауберу» удержаться от падения результатов обратно до шестого-восьмого мест.

2005 год ознаменовался громким разрывом союза «Уильямс» и BMW, объявивших о расторжении договоренностей на последующие чемпионаты и разделе успешно выступавшей команды «Willliams BMW». БМВ обратилось к Петеру Зауберу с предложением о продаже контрольного пакета акций его компании. Швейцарец ответил согласием, и с конца 2005 года «Заубер» стал подразделением BMW и официальной заводской командой БМВ в Формуле-1, формально называющейся «BMW Sauber». Жак Вильнёв достался ей по наследству от швейцарской конюшни, а Ник Хайдфельд вернулся по протекции BMW.

2010 год В середине сезона 2009 концерн BMW заявил об уходе из Формулы-1. После долгих и трудных переговоров, 28 ноября 2009 года Петер Заубер выкупил долю акций BMW и вновь возглавил команду, вернув ей историческое название. Началась подготовка новой машины для сезона 2010 - Sauber C29. Кандидатами на 3 места в команде являлись опытные Ник Хайдфельд, Ярно Трулли, Педро де ла Роса, а также два молодых перспективных пилота – японец Камуи Кобаяши и россиянин Виталий Петров. 17 декабря 2009 года было объявлено о контракте с Камуи Кобаяши. 19 января 2010 подвержден контракт с Педро де ла Росой.